מחלות מעי דלקתיות עשויות להופיע בכל גיל, אך כאמור, מופיעות לרוב בין הגילאים 15-30. הן נובעות משילוב גורמים גנטיים וגורמים סביבתיים.
גורמים גנטיים– הסיכון למחלות מעי דלקתיות גבוה פי 4-20 בנוכחות קרוב משפחה מדרגה ראשונה, החולה במחלה. נראה כי לגורמים הגנטיים חשיבות רבה יותר בהתפתחות מחלת קרוהן, מאשר קוליטיס כיבית, כאשר ל-20% מחולי קרוהן קרוב משפחה החולה במחלה.ביהודים אשכנזים קיימת שכיחות גבוהה יותר של מחלות מעי דלקתיות.
גורמים סביבתיים– התפתחות מחלות מעי דלקתיות אינה תלויה רק בגורמים גנטיים, אלא בשילוב עם גורמים סביבתיים.
עישון – מספק הגנה מפני קוליטיס כיבית, אך מעלה הסיכון למחלת קרוהן. עישון גם מוביל למחלת קרוהן חמורה יותר ועליה בסיכון לניתוח.
כריתת תוספתן – מלווה בשכיחות נמוכה יותר של קוליטיס כיבית.
מקום המגורים –מחלת קרוהן נפוצה יותר עם מגורים באזורים עירוניים.
תרופות ממשפחת NSAID – תרופות דוגמת אדוויל, וולטרן ואחרות, עשויות להוביל להתלקחות המחלה.